这样一些不想死、不想被删除的程序，就在Matrix里躲了起来。第二集里的法国人就是这类程序中的佼佼者，他不但自己成了Matrix世界里最大的法外之徒，同时也为其他非法程序提供庇护，俨然是Matrix里最大的地下国王。
于是这些多起来的非法程序，就成了bug。Bug太多的话，Matrix也有崩溃的危险。对于这一类bug，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及Smith探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在Matrix的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，Matrix和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、Smith探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与bug们的互动，救世主自己最后会成为bug之王。
随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到Matrix的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、遵从建筑师的安排返回代码之源，将自己身上集大成的非法程序融入Matrix的代码库。
这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写入防火墙的病毒库。一旦完成后，Matrix就在此基础上升级重载，而重载后的Matrix代码源由于已经内置上一个版本的病毒库，因此原先那些非法程序就可以被新一代的Matrix制约了。所以，救世主，也就是主角的真正使命并不是引领人类对抗机器，而是为Matrix升级病毒库，或者说是帮Matrix这个系统debug。
听到这里，导演沃卓斯基兄弟中的安迪·沃卓斯基疑惑道：“主角应该可以选择吧，选择帮助建筑师或者人类。”闻言，拉里·沃卓斯基点点头：“主角的身份被安排成人类的救世主，从情感上来讲，他应该会帮助人类，这点与设定就又有冲突了？”
“不行。”
少恭摇了摇头：“这正是建筑师将主角身份设计成抵抗军的救世主的阴险之处，因为救世主虽然是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类对抗机器。因此建筑师就可以用“毁灭全人类”来要挟救世主。而第三部矩阵革命建筑师就会这么干，在第二部主角会见建筑师时时，在现实世界里，机器军队也会按照建筑师的计划有条不紊地毁灭锡安。只要主角不从建筑师，他就会随手灭锡安中觉醒的黑客们，这就是救世主，也就是主角的悲剧宿命。在完成“升级病毒库”的任务后，救世主就领到了他的第二项任务：那就是从Matrix中选23个男男女女重建已毁灭的锡安。
完成这个任务后，主角便功成身退。曾经有个救世主的这个传说，就在新的锡安中流传下来。这样一来，新的这一代Matrix里那些天生叛逆的1%觉醒后，就还是有一个锡安可去。然后，也许在经历了若干代人的传承之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新一代的救世主。这是一个无限循环的悲剧过程……
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于是这些多起来的非法程序，就成了bug。Bug太多的话，Matrix也有崩溃的危险。对于这一类bug，建筑师的对策是：集合他能找到的与非法程序有关的代码，编写了一个叫做“救世主”的程序，也就是主角。而第二部法国人的言论以及Smith探员与主角的命运纠葛就很容易看出来，主角程序与这些非法程序无疑是同类型的存在。而且，是他们的集大成者。
然后建筑师把这样一个程序植入某个人类的精神中，于是主角就诞生了。在Matrix的世界里，程序产生的意识和人的灵魂的差别其实已经很小了。这点第三部里的印度人一家其实就是程序，而它们显然就有了人类的感情。人与程序的不同仅仅是载体不同而已，程序的载体是芯片，灵魂的载体是人脑。所以程序和灵魂完全是可以结合的。他们的结合产生了新的物种，不属于机器，也不属于纯粹的人类，他们的精神，其实是跟主角一样的人脑产生的神经信号与程序代码的结合体，这也是建筑师与先知的最终目的，让机器与人类相融合，建立一个不分彼此的世界。
不过在这种世界建立之前，Matrix和现实还需按照设定好的演变。所以每一次当机器威胁到锡安中觉醒的人类时，抵抗军的黑客们就会遇到先知，而先知会让黑客们去寻找救世主，也就是主角，因为救世主能帮助他们打败机器。而这，显然是建筑师和先知的安排。
当主角被找到后不久，它的超能力就会觉醒——这也是他身上那些代码被激活，开始自己使命的一刻。而其他非法程序如法国人、白化兄弟、Smith探员的互动中，他自己身上的非法程序代码也会演进，最终演进成非法程序的集大成者。也就是说，通过与bug们的互动，救世主自己最后会成为bug之王。
随后，主角会在先知的指引下，率领着黑客们来到Matrix的代码之源，而主角会在这里见到建筑师。在被告知上述真相后，救世主不得不带着身上的非法程序代码、遵从建筑师的安排返回代码之源，将自己身上集大成的非法程序融入Matrix的代码库。
这个代码库就相当于是一个收集病毒代码，专门负责把代码写入防火墙的病毒库。一旦完成后，Matrix就在此基础上升级重载，而重载后的Matrix代码源由于已经内置上一个版本的病毒库，因此原先那些非法程序就可以被新一代的Matrix制约了。所以，救世主，也就是主角的真正使命并不是引领人类对抗机器，而是为Matrix升级病毒库，或者说是帮Matrix这个系统debug。
听到这里，导演沃卓斯基兄弟中的安迪·沃卓斯基疑惑道：“主角应该可以选择吧，选择帮助建筑师或者人类。”闻言，拉里·沃卓斯基点点头：“主角的身份被安排成人类的救世主，从情感上来讲，他应该会帮助人类，这点与设定就又有冲突了？”
“不行。”
少恭摇了摇头：“这正是建筑师将主角身份设计成抵抗军的救世主的阴险之处，因为救世主虽然是人类与程序的合体，但他的立场毕竟是维护人类对抗机器。因此建筑师就可以用“毁灭全人类”来要挟救世主。而第三部矩阵革命建筑师就会这么干，在第二部主角会见建筑师时时，在现实世界里，机器军队也会按照建筑师的计划有条不紊地毁灭锡安。只要主角不从建筑师，他就会随手灭锡安中觉醒的黑客们，这就是救世主，也就是主角的悲剧宿命。在完成“升级病毒库”的任务后，救世主就领到了他的第二项任务：那就是从Matrix中选23个男男女女重建已毁灭的锡安。
完成这个任务后，主角便功成身退。曾经有个救世主的这个传说，就在新的锡安中流传下来。这样一来，新的这一代Matrix里那些天生叛逆的1%觉醒后，就还是有一个锡安可去。然后，也许在经历了若干代人的传承之后，这23个人的后代们又会在先知的指引下去寻找新一代的救世主。这是一个无限循环的悲剧过程……
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