当时的反对派以掌院为首，赞同派则以左执院为首，按照规则，双方展开激烈的公开辩论，辩论中看似掌院的威望更高，双方通过辩论阐明了观点后，最后由枢密院投票决定。投票结果令掌院大吃一惊，反对票只有掌院和心腹右执院的三票，其余八票均为赞同，显然其余八人已经串通好了。于是，项羽正式拜入归元书院，自此也埋下了归元书院日后分裂的种子。
归元书院借势项氏的力量，声势日隆，项羽也得到归元书院的帮助，不仅练得一身卓绝的武功，元力境界臻至九重天，宗动天境，其势力也日益壮大。这开端看似双赢，但这一变化却引起文明教的警惕。本来归元书院没有争霸天下的野心，文明教也与归元书院井水不犯河水，甚至因为同为异人，有时还会相互帮衬。但因为项羽的加入，文明教察觉到归元书院联合项羽可能有争霸天下的企图，这便对文明教产生了威胁。因为同为异人组织，文明教先礼后兵，与归元书院进行了正式的交涉。
书院掌院非常重视异人内部的团结，于是召开枢密院会议，再次讨论归元书院是否应该和项氏家族撇清关系。在这次会议上，左执院也再一次向掌院的权威发起挑战，提出根据归元书院多年的研究，可以判断这里的世界与异世界是平行世界，因此若想返回异世界不是简单的谋划就能实现，需要满足很多条件，调动更多资源进行更多的研究才能达成，而获取资源就必须依仗强大的势力，因此归元书院应该参与天下争霸，若是争霸成功便有最大可能的启动归家计划。左执院将回归异世界和争霸这两个目标统一在了一起，这一点让掌院始料未及，此刻他才方然醒悟，左执院已经逐渐丧失了回归异世界的信念，转而贪恋权势，走向了文明教的道路，他提出的观点只是一种政治障眼法，用来掩饰他信念的动摇和野心的滋生。
掌院后悔自己疏于察觉人心之变，眼看左执院已经笼络了多数人，若轮武功，掌院自然无人可敌，然而自创院以来，归元书院就是奉行民主决策，于是，激烈的辩论之后，仍是投票决策，毫无悬念的又是三票对八票，除了忠心耿耿的右执院，其他人全部倒向左执院。在那之后，归元书院正式助力项氏，参与争霸天下，与文明教的嫌隙已无法弥补。归元书院内的两派也正式决裂，掌院一气之下，带着右执院和少数学生人离开了归元书院。没想到左执院仍不肯放过掌院等人，暗中遣人追杀，在一路向北逃亡中，掌院与右执院也失散了。
此后，左执院对外宣布掌院闭关，自己代行掌院之职，并且假意回复文明教声称归元书院并无争霸之心，与项羽只有师生关系，项羽成年后便会离开归元书院，而另一边却暗中撒网，寻找刘邦，他认为现在的刘邦只是一介平民，只要杀了他便能扫清项羽称霸的潜在障碍，改写历史。刘邦很快被左执院的人找到，就在刘邦死到临头之时，文明教的人赶到救走了刘邦。原来文明教感到了其中的蹊跷，并未相信左执院的话，暗中调查发现掌院已经失踪的秘密，所以也一直在抓紧寻找刘邦。文明教自然熟知异世界的历史，但也知道在这个平行世界里的历史会因为异人引发的干扰事件而改变，他们本来的计划是在楚汉争霸，相持两难之际发难，渔翁得利，但没想到归元书院出手相助项羽，如果归元书院和项羽联手，杀了刘邦，夺取了天下，那么文明教就要一场空，所以他们选择相助刘邦，一方面扼制归元书院，另一方面想控制刘邦作为傀儡。
归元书院的野心自此暴露，全力扶植项羽与文明教分庭抗争。在文明教的扶植下，刘邦崛起成为可以与项羽匹敌的势力，楚汉争霸不可避免的发生了。后来双方的一系列战役在历史上都有记载。最终，归元书院未能逆转历史，项羽被刘邦击败，刘邦称帝。然而，帮助刘邦的文明教也未得善终。……
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