并入清朝
1603年，彻辰汗死，孙林丹(一译陵丹、灵丹，明人称虎墩兔)继位，称林丹·呼图克图汗。林丹汗在位时，值后金努尔哈赤崛起。林丹汗企图统一蒙古各部，联合明朝，共同抗击后金。但由于他改信红教加他常说:“南朝止一大明皇帝，北边止我一人，何得处处称王，我当先处里，后处外。“这势必会动蒙古各部的利益。“昏于酒色“，任意杀掠，凭陵诸部，受到各部封建主的强烈反抗。1628年(明崇祯元年，清天聪二年)，因在土默特部赵城为喀喇沁、EEDS等联兵击败，继之又被漠南蒙古各部与后金联军败于绰洛郭勒，1631-1632年被皇太极创于西拉木伦河北岸，被迫狼狈西逃，1634年死于大草滩(今GS省民乐县东南)。林丹汗病死后，他的部下逐渐土崩瓦解，他的福晋们也开始寻找自己新的归宿。
后金天聪八年八月，林丹汗的侧福晋，时称窦土门福晋，由他部落的一名叫多尼库鲁克的护送下，率先到皇太极的军营行幄，表示归顺，并选择了木湖尔伊济牙尔地方暂时驻牧。皇太极考虑后，决定娶窦土门福晋。
在皇太极纳娶窦土门福晋后不到一年，后金天聪九年三月，林丹汗的多罗大福晋囊囊太后娜木钟率领一千五百户部众来归;四月，林丹的儿子额哲在上都被后金追上，林丹汗另一个多罗大福晋苏泰太后带着她的儿子额哲，即林丹汗的继承人，又率一千户部众来投，并献上历代传国玉玺;随同两位尊贵太后前来的还有林丹汗另两位侧室福晋伯奇福晋、俄尔哲依图福晋及林丹汗的妹妹泰松公主等。她们的到来，让皇太极和诸王贝勒们欣喜若狂，因为这不但给他们送来美女，还带来了众多的家产人口及牲畜财帛等。
当林丹汗的八大福晋们归顺后，时为大汗的皇太极娶窦土门福晋和囊囊大福晋;其从兄济尔哈朗娶苏泰大福晋;其七兄阿巴泰娶俄尔哲图福晋;其长子豪格娶苔丝娜伯奇福晋;将高尔土门福晋赐林丹汗属下寨桑祁他特车尔贝为妻;二兄代善娶林丹汗之妹泰松公主;皇太极将次女马喀塔下嫁林丹汗长子额哲;多尔衮娶了窦土门福晋的蒙古养女(一说是林丹汗之女)。泰松公主在其兄林丹汗死后，在1636年(后金天聪九年)与众福晋一起归附后金，改嫁爱新觉罗·代善。于是，延续429年的蒙古帝国从此便从历史上消失了。原有的蒙古各部部众大都依附于后金。皇太极得到玉玺后，立即召集满洲、蒙古贝勒于盛京称帝，定国号为大清。
瓦剌
原居八河地区(叶尼塞河上游八条支流带)，前期主要部落有准噶尔(绰罗斯部)、杜尔伯特、土尔扈特。15世纪初和硕特进西域加入瓦剌，后来做盟主。后并称四卫拉特。还有辉特等小部。
元代:主要居西域北部，是以准噶尔盆地为中心的天山北方的主要人群;一部分南进西域中部即今巴州。
明代前期:准噶尔东进，与鞑靼、兀良哈为漠北三大游牧集团;也先死后准噶尔西返并占领七河地区等。后期:和硕特等南进今巴州和青海等。
清代早期:准噶尔南下征服东察合台汗国。前中期:康熙三征噶尔丹，八旗满洲和汉人绿营兵民等驻扎巴里坤-WLMQ-喀喇乌苏一带的和硕特旧地。乾隆征服准噶尔汗国，千里荒芜，迁内地兵民驻守开垦;哈萨克君主请求乾隆允许哈萨克人东进游牧;维吾尔人则北进。
瓦剌在清代中期及此前的很长时期是今XJ区域的最大人群(康熙后期瓦剌在今XJ北部和中部60多万人-乾隆26年维吾尔人共25万左右且大体在南疆六城);康乾战事和屯垦戍边使汉人成瓦剌区域的主要填补人群。
瓦剌推进了中国多民族国家的发展，和硕特汗国的贡献尤为突出。在现代，他们有多个自治行政地。
称呼
元朝时所称斡亦剌，明朝人称瓦剌，清代作卫拉特或卫喇特。该人群自称是卫拉特。
蒙元时期，斡亦刺贵族与成吉思汗系建立世代通婚关系，男尚公主，女适皇胃，可谓“世联戚碗“，权势显赫。正如拉施特哀丁所指出的那样，他们“保持相互嫁娶姑娘的关系，并成为按达-忽答“。这不仅对斡亦刺社会产生很大影响，而且也是成吉思汗家族统治策略的重要组成部分。……
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